"במעמקי הסן" זכה לביקורות חיוביות בסך הכול. הביקורות המקצועיות ב־Rotten Tomatoes היו מעורבות, עם 63% חוות דעת חיוביות, ואילו תגובות הקהל נטו להיות שליליות יותר (30% בלבד). ב-Metacritic, שמאגד גם כן ביקורות מקצועיות מכל רחבי העולם, הסרט מחזיק בציון משוקלל של 57 (מתוך 100), אם כי מספר המבקרים שהובאו בחשבון הוא מצומצם מאוד.

ומה לגבי הקהל? באתר IMDB, הסרט קיבל ציון של 5.2 מתוך 10, אחרי למעלה מ-40,000 דירוגים של גולשי האתר. ב-Letterboxd, כמעט רבע מיליון גולשים העניקו לסרט את הציון המשוקלל הדי נמוך של 2.2 כוכבים מתוך 5.

ב־IMDb הסרט מדורג סביב 5.2 מתוך 10. הביקורות המקצועיות ב־Rotten Tomatoes היו מעורבות עד חיוביות, ואילו תגובות הקהל נטו להיות חלוקות יותר. אין להתייחס לציון יחיד כאל הכרעה סופית לגבי הסרט, משום שחלק ניכר מהתגובות תלוי בציפיות: סרט כרישים מופרך ומוגזם או מותחן אסונות שמנסה לשמור על אמינות.

מבקרים שהתחברו לסרט העריכו את הקצב, את הרעיון של כריש בלב פריז ואת השילוב בין מותחן סביבתי לסרט אסונות. אחרים הצביעו על בעיות בהיגיון העלילתי ועל החלטות של הדמויות שמשרתות את הצורך להגיע לסצנות גדולות ומוגזמות. ככל שהסרט מתקדם, הוא מתרחק ממותחן כרישים מצומצם והופך לסרט אסונות בקנה מידה גדול.