ערב השנה החדשה של 1999 אמור להיות הלילה שבו אלי (ג'יידן מארטל, ביל בסרטי "זה"), נער ביישן וחנון, סוף סוף יעשה צעד לעבר לורה (רייצ'ל זיגלר, שונאת ישראל שעשתה כמה סרטים), הנערה שהוא מאוהב בה. חברו הטוב דני, בגילומו של ג'וליאן דניסון המוכשר ("גודזילה נגד קונג", "דדפול 2"), מנסה לדחוף אותו לצאת מאזור הנוחות שלו. השניים מוצאים את עצמם בדרך למסיבת השנה החדשה שבה הם מקווים לשנות את מעמדם החברתי.

המסיבה נראית תחילה כמו עוד ערב פרוע של בני נוער, עם מוזיקה, אלכוהול, הורמונים והפחד המוכר מדחייה חברתית. אבל בדיוק כשהשעון מתקרב לחצות, החששות סביב באג המחשבים של שנת 2000 מתגלים כמוצדקים הרבה יותר מכפי שמישהו ציפה. מערכות טכנולוגיות ברחבי העולם משתבשות, ומכשירים אלקטרוניים מתחילים לפעול כאילו פיתחו רצון משלהם. במקום להתמודד עם וירוס מחשבים רגיל, בני הנוער נאלצים לשרוד מתקפות של מכשירי חשמל וחפצים יומיומיים שהופכים למכונות הרג. מיקרוגל, מייבש שיער, מכונית צעצוע ואפילו טמגוצ'י – אותו צעצוע דיגיטלי שהיה להיט בסוף שנות ה־90 – הופכים לחלק מסיוט אפוקליפטי שמערבב אימה, מדע בדיוני וקומדיה שחורה. הסרט נהנה במיוחד מההמצאות המופרכות ומההריגות היצירתיות שלו, שמזכירות לעיתים סרטי זומבים או ספלאטר, רק שהפעם האויב אינו המתים שקמו לתחייה אלא הטכנולוגיה שאמורה לשרת אותנו.

ככל שהכאוס מתרחב, אלי, לורה ושאר השורדים נאלצים להתמודד לא רק עם המכונות המשתוללות, אלא גם עם היחסים ביניהם ועם ההחלטות שהם מקבלים תחת לחץ.

את „באג אלפיים” ביים קייל מוני, שחקן וקומיקאי שהתפרסם כחבר צוות "סאטרדיי נייט לייב” והביא לסרט את אהבתו להומור אבסורדי ולתרבות הפופ של שנות ה־90. בין ההריגות והבדיחות משולבים רפרנסים לתרבות הפופ של התקופה, מפסקול שמחזיר לסוף שנות ה־90 ועד לאופנה ולתופעות שאפיינו את החיים לפני שהטלפונים החכמים השתלטו על הכול. זה הופך אותו לקומדיית אימה. האם היא מוצלחת? זו כבר שאלה אחרת.